1885年，日惹考古学会主席亚泽曼（Yzerman）发现塔基下有隐藏的浮雕。这些隐藏的浮雕上有一些为雕刻者留下的梵文指示，非常有特色的书写文字揭示了建造该佛塔的时间：9世纪中期，当时该区域正处于夏连特拉王朝的统治下。

　　1907年，荷兰人Van Erp对佛塔进行了大规模的修复，修复工作于1911年完成。此次修复意义重大，它显然在一段时间内保护了该佛塔。然而，修复过程中，佛塔的很多部分没有放回原来的位置。

　　1956年，联合国教科文组织派了一位比利时专家来对婆罗浮屠进行评估。专家的评估结果是：水损害问题不容忽视，若想要佛塔有个长远的未来，就需要阻止水损害。当时，佛塔下的山丘正在受侵蚀，地基变得松动，浮雕也被侵蚀着。

　　前期工作始于1963年，在种种发现中，人们发现，这座山丘并非人们一直以为的是一座天然的山丘。然而，山丘的有些区域是壤质土，混杂有石头和石屑。依据前期工作判断，佛塔的修复工程规模浩大，于是1968年印度尼西亚政府向联合国教科文组织提交了一份提案，列出了所需要进行的工作。

　　联合国教科文组织给予了全力支持并开始为修复工作筹集资金。从1968年至1983年，研究和修复工作根据联合国教科文组织的要求进行。世界各地的专家来到这里，协助该遗址的拆分和重建工作。另外，还做了大量的工作来制定一些程序，以防止微生物侵蚀石头。

　　最终，联合国教科文组织于1991年将婆罗浮屠列为了世界遗产。

　　婆罗浮屠代表了佛教理论的多重境界。鸟瞰婆罗浮屠，它的形状就是一座传统的佛教曼荼罗（坛场）。曼荼罗是大量佛教和印度教艺术的核心，印度教和佛教曼荼罗的基座形状大多是方形的，有四个入口，中心有一座圆塔。由外至内的建筑代表了修炼觉悟的三个境界，中央区域代表了无色界或极乐境界。

境界1：欲界（Kamadhatu）

　　婆罗浮屠的塔基被辅助塔基所遮盖，所以它是看不到的。1885年亚泽曼在调查期间发现了最初的塔基。这个隐藏的部分代表着欲界，它由160幅浮雕组成，这些浮雕描绘了一些因果律场景。这些浮雕描绘了抢劫、杀戮、强奸、拷打和诽谤场景，说明了人类的欲望行为。

　　有证据表明，辅助塔基是在最初建造婆罗浮屠期间加建的。加建辅助塔基的原因并不能百分百确定，但极可能是出于建筑结构的稳固性考虑，是为了防止塔基松动；或是出于宗教原因——掩盖更丑恶的内容。增加的塔基高3.6米，宽6.5米。

　　用于遮盖的塔基，有一个角落已被永久移除，这是为了让游客看到被遮盖的塔基和部分浮雕。婆罗浮屠博物馆（Borobudur Museum）中展示着全部160幅浮雕的照片，该博物馆位于婆罗浮屠考古公园（Borobudur Archeological Park）内。

境界2：色界

　　过渡境界，人类从世俗中解脱.

　　代表色界的四层方形塔身包括石刻浮雕回廊和安置了佛像的壁龛。塔身共有328尊佛像，塔身的栏杆上也有大量华丽的装饰浮雕。

　　这四层塔身刻有逾1300幅浮雕，浮雕描绘的场景出自梵文手稿《Gandhawyuha》、《普曜经》（Lalitawistara）、《本生经》（Jataka）和《譬喻经》（Awadana）。这些浮雕长达2.5公里。另外，这里还有1212块装饰性嵌板。

境界3：无色界

　　最高境界，神之所

　　通向中央圆顶或舍利塔的三层圆形平台代表着超脱于世俗，而这几层平台没有过多装饰，纯净是至关重要的。

　　这几层平台包含几圈多孔的舍利塔，舍利塔形如倒置的钟，其内安置着面朝寺庙外的佛像雕塑。这里总共有72座舍利塔。正中的舍利塔令人印象深刻，它目前的高度跟最初并不一样，它高于地面42米，塔基直径为9.9米。与围绕它的舍利塔不同，中央舍利塔是空的，因此出现了相互矛盾的报告，一些报告称中央舍利塔内曾有圣物，而其它报告则认为它一直都是空的。

浮雕

　　整个寺庙总共有504尊佛像，佛像呈冥想的姿势，并且根据佛像面对的方向摆出6种不同的手势。

　　这些“手印”代表着各种教义，如仁慈、论断和无畏，据说这些手印述说着佛像安详的面容未能说出的故事。

寺庙走廊

　　在20世纪早期婆罗浮屠的修复期间，人们发现该地区的两座较小寺庙——帕万寺（Pawon）和门杜寺（Mendut）与婆罗浮屠精准地连成直线。帕万寺距离婆罗浮屠1.15公里，而门杜寺距离婆罗浮屠3公里。人们相信，这三座寺庙彼此之间有宗教关系，尽管确切的仪式过程仍是个谜。

　　这三座寺庙被纳入卫塞节（Waisak Day Festival）的路线之中。卫塞节于每年4月或5月的月圆之日举行，为的是纪念佛陀（Gautama Buddha）的出生、成道觉悟和逝世。

　　卫塞节是佛历中的重要日子，它将吸引众多印度尼西亚国内外的游客，前来观看当地及国际朝圣者列队从门杜寺走到帕万寺再到婆罗浮屠的情景。这是由印度尼西亚政府支持的丰富多彩和充满节日气氛的活动。