从厄瓜多尔大陆前往加拉帕戈斯的最有效的方法是坐飞机。您的航班将根据游艇观光确认信息得到保证。所有国际航班都是从厄瓜多尔大陆飞来。从基多来的航班会在瓜亚基尔停留，从瓜亚基尔再飞到巴特拉岛（Baltra）或圣克里斯托岛，这两个地方就是您的游艇旅行出发地。从基多到瓜亚基尔的航班飞行时间是30分钟，从瓜亚基尔飞往加拉帕戈斯群岛的巴特拉岛或圣克里斯托岛大约是1小时30分钟。
航空公司也分淡季或旺季：
旺季：11月1日至4月30日，6月15日至9月14日
淡季：5月1日至6月14日，9月15日至10月31日
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