搭乘飞机是前往加拉帕戈斯的唯一方式，当您确认游船观光旅行时，系统就会为您保证机票的预订了。所有的国际航线都可以通往厄瓜多尔内陆，基多（在瓜亚基尔停留）和瓜亚基尔都有航班飞往巴尔特拉或圣·克里斯托巴尔（观光旅行的起点站）。从基多飞往瓜亚基尔需30分钟，从瓜亚基尔飞往加拉帕戈斯群岛的巴尔特拉或圣·克里斯托巴尔需要1个半小时。

航线淡季和旺季时间表如下：
　　·旺季：11月1日－4月30日、6月15日－9月14日；
　　·淡季：5月1日－6月14日、9月15日至10月31日。