在签署了俄罗斯与土耳其间（1774-1775）的和平条约后，俄罗斯领土延伸至克里米亚半岛，亚历山大一世（Alexander I）邀请德国殖民者在南“诺沃罗西亚”（Novorosia）的沙漠地带居住。就这样，在敖德萨及其郊区出现了许多路德教社区，1803年至1804年间，黎塞留总督要求俄罗斯沙皇派送移民牧师至敖德萨。8年过去了，第一位牧师来到了南巴尔米拉，1827年，第一座路德教堂（Lutheran Church）建成。根据查尔斯·博福埃（Charles Boffoue）的计划，教堂原本应该建在城市最高点的位置，如今的圣保罗教堂所在地（路德教堂-基拉）。
19世纪末期，教堂周围建起了许多建筑，包括教育、文化和社会机构。然而，随着时间推移，这些建筑变得破旧不堪，有的甚至已经被损毁。随后，人们历时两年之久，在原址上重新建造了这座可容纳1200人的新教堂。苏联统治时期，圣保罗教堂被关闭。在敖德萨被德国-罗马尼亚力量统治（1941-1942）期间，路德教堂的宗教生活得以改善。战争后，教堂被用作音乐厅。1976年的一场大火，将教堂的中殿烧毁。
1990年，敖德萨福音路德教堂得以重建，1993年，在圣保罗社区的帮助下，建立了德国文化中心（German Cultural Centre）和“巴伐利亚人之家”（Bavarian House）。2002年，最后的重建工作彻底完工，前养老院被重新改造为“圣保罗教堂中心”（Church Centre of St. Paul）。其余房间的修复和建造工作仍在继续。
